乙级联赛创建之初(有间断)采用预赛阶段和决赛阶段的两个阶段，预赛分成若干赛区(前期称组)但出线球队数目不定，决赛阶段又分成分组赛和决赛，均采用循环赛赛会制。1965年乙级联赛停办，1978年乙级联赛恢复后采用分阶段的赛会制双循环比赛，仅1983年实行单循环比赛，1984年乙级联赛开始(包括作为次级联赛和三级联赛的时候)采用预赛阶段和决赛阶段两个阶段的比赛，除1992年分为两个小组外都分成四个赛区，分由四个城市举办赛会制的比赛，每个赛区出线球队数目不定，因此决赛阶段的球队数量也不定，决赛阶段采取赛会制，或实行淘汰赛或实行循环赛不定。1989年乙级联赛开始作为第三级联赛至今。
半职业联赛时期(1994-2003年)
中国职业足球联赛起步阶段的全国足球乙级队联赛尚属于半职业联赛性质，除职业足球俱乐部外，各大行业体协、机关单位、企业、学校和俱乐部梯队都可以参加。
前期采取预赛阶段和决赛阶段两个阶段的赛制。1995年改为预赛阶段、复赛阶段和决赛阶段三个阶段，预赛阶段即省市区的选拔赛，胜者进去大区复赛;复赛阶段初分五个赛区，1997年改为四个赛区，复赛实行主客场双循环的比赛，赛区前三名进入决赛阶段;决赛阶段采用赛会制，分成第一阶段小组赛和第二阶段淘汰赛(仅1995年是循环赛)，小组赛分为三个小组，小组前两名和成绩好的两个小组第三名出线进行每轮两场淘汰赛，而决赛一场定胜负(1995年时小组赛前两名出线进行循环赛)，并一般不设三四名决赛。
1999年的乙级联赛分为两个阶段，取消了预赛阶段。第一阶段是分组赛，3个组分别进行主客场双循环的比赛，小组前四名共十二支球队进入决赛阶段。而决赛阶段赛制不变。而2000年开始再次分为三个阶段。第一阶段是分区预赛，采用主客场双循环赛制前三名出线进入第二阶段。第二阶段是南北赛区的复赛，各六支球队出线，第一阶段交锋过的对手不再交锋第一阶段的成绩带入复赛，每个赛区各四支共八支球队进入第三阶段决赛阶段。第三阶段决赛阶段实行赛会制淘汰赛，依然除了决赛外都每轮实行两场的淘汰赛。
职业联赛时期(2004-2010年)
2004年，中国各级职业足球联赛进行了改革，中国足球乙级联赛正式划入职业联赛范畴之内，当年共有22支俱乐部报名参赛。2012年是迄今为止中乙联赛规模大的一届赛事,共有26支俱乐部报名参赛。改革后的中乙联赛实行第一阶段南北赛区主客场双循环赛制和第二阶段总决赛实行淘汰赛赛会制。起初是南北两个赛区前四名出线进入总决赛。2007年中国大学生足球联赛冠亚军也被允许参加总决赛的比赛，并且赛区冠军直接晋级半决赛，其他六支球队将和大学生足球联赛冠亚军球队通过淘汰赛争夺两张半决赛的资格。2010年由于参赛球队较少因此在第一阶段分区赛中采取主客场四循环的赛制，总决赛阶段也不再允许大学生球队参加，且赛区冠军直接进入半决赛，赛区二三名则争夺进入半决赛的资格。
业余联赛时期(2011-目前)
受到中国足球大环境的影响，2010年中乙联赛仅有10支球队报名参加，创造了建立中乙联赛以来历史参赛队的新低。为了扩大中乙联赛的影响力，中国足协决定，2011年开始中乙联赛退出职业联赛系统，除职业足球俱乐部外，各省、市体育行政单位也可以组队参赛，中乙联赛又重新回到半职业联赛的范畴。
