中医学者认为子宫内膜异位症主要病机在于邪气内伏或精血素亏，更值经期前后冲任二脉气血的生理变化急骤，导致胞宫的气血运行不畅，“不通则痛”;或胞宫失于濡养，“不荣则痛”，放使疼痛发作。那么子宫内膜异位症的具体病因是什么呢？
1、前列腺素
在腹腔内微‘环境因素中，腹腔液与子宫内膜异位症患者病灶以及内生殖器官直接接触，其量和所含的细胞成分及生物活性因子构成了腹腔内微环境，与输卵管的运动密切相关。文献报道，子宫内膜异位症患者的腹水中所含异常物质可引起输卵管拾卵障碍;腹腔液能使精于活动力减低，腹水中巨噬细胞增加，吞噬精子的作用亢进：这可能与腹水所含的大量前列腺素类物质有关，如PGF2a、PGE2、TXB2等与排卵、黄体功能及输卵管运动关系密切。特别是腹水中的细胞因子如白细胞介素，被认为可能对受精，卵细胞分裂有重要影响。子宫内膜异位症患者常伴有排卵功能障碍，可能是腹腔液中的前列腺素含量升高影响卵泡的生长和排卵。此外，腹腔液中酸性磷酸酶促进前列腺素合成，参与卵泡发育、卵巢激素分泌、排卵和黄体溶解过程，并影响输卵管运动而导致不孕。
2、未破裂卵泡黄素化
koninckx等提出一种特殊种类的排卵功能障碍----位破裂卵泡黄素化综合征常见于子宫内膜异位症患者，可能是子宫内膜异位症的发生原因。由于此病伴腹水，雌、孕激素浓度低，失去了对子宫内膜细胞的抑制，有利于子宫内膜细胞的种植。但此学说还未完全肯定。
3、高催乳素血症学说与黄体功能不全
黄体功能不足也是子宫内膜异位症患者不孕的原因之一，子宫内膜异位症患者合并催乳素升高，催乳素有对抗促性腺激素的作用，抑制促卵泡生成素的分泌，可导致卵巢内促黄体生成素受体形成减少，致使卵巢对促黄体生成素不敏感，使黄体功能不全而影响受孕。