小儿神外的鉴别诊断首先要根据患儿的临床表现，如有无发作性、一过性、反复性的特点，以及发作时的具体表现判断是否有癫痫的可能性，然后通过脑电图以及其它辅助检查，诊断是否为癫痫。如果明确为癫痫，则要进行癫痫的发作分类以及癫痫综合征的分类;然后要进一步查找癫痫的病因。
需要强调的是并非所有发作性疾病都是癫痫，甚至小孩出现抽搐发作也不一定是癫痫。需要与其他发作性疾病相鉴别。
1.代谢或内分泌异常：可以出现非癫痫性惊厥，如低血糖、低钙血症等，患儿可以出现抽搐，但纠正代谢紊乱后发作消失，故此类疾病不诊断为癫痫。
2.脑炎：在病毒性脑炎、细菌性脑膜炎、真菌性脑膜炎、免疫性脑炎等中枢神经系统炎症性疾病的急性期，会出现惊厥发作，如果脑炎痊愈后惊厥消失，则不诊断为癫痫，如果痊愈后仍有惊厥发作，则诊断为继发性癫痫。
3.晕厥：为一过性脑供血不足导致的短暂的意识丧失，如心源性晕厥、血管迷走性晕厥，不属于癫痫。
4.运动障碍：有一类锥体外系疾病，表现为肢体异常运动与姿势，如肌张力不全、舞蹈手足徐动、小儿抽动症等。另有一类阵发性运动功能障碍性疾病，如阵发性运动源肌张力不全舞蹈手足徐动、阵发性非运动源运动障碍、阵发性运动诱发肌张力不全等，需要与癫痫相鉴别。
5.婴儿一过性行为：如点头、咬牙、全身用力等，发作时脑电图正常，不属于癫痫。
6.睡眠障碍：睡眠中出现的异常行为，如梦魇、夜惊、梦游等，不属于癫痫;发作性睡病，表现为睡眠增多、大笑猝倒、睡眠瘫痪、幻觉等，易于误诊为癫痫失张力发作、肌阵挛发作，但其脑电图无癫痫样放电，而表现为睡眠周期异常，可供鉴别;睡眠肌阵挛，为睡眠过程中肢体不自主抽动，属于正常的生理现象。
7.心理、行为问题：如情感交叉擦腿综合征、癔症等。