粪便镜检时，加生理盐水一滴于载玻片上，用木签挑取粪便(脓血部分)少许与生理盐水混合，涂匀，厚度应适中，查阿米巴包囊时，可加做碘液法，涂片后，覆以盖片镜检。先用低倍镜将全片检视一遍，注意有无虫卵等“大型”物体，再用高倍镜仔细观察有无各种细胞、阿米巴包囊及滋养体等。注意，下面各种物体的种类和数量，对腹泻的诊断具有重要意义。
细胞
①红细胞
正常粪便中无红细胞，肠道下段炎症(如痢疾、溃疡性结肠炎、结肠癌等)或出血时可见。在阿米巴痢疾患者粪便中红细胞远多于白细胞，成堆存在，并有残碎现象;在细菌性痢疾患者粪便中红细胞少于白细胞，分散存在，形态正常。
②细菌性痢疾时
可见大量与粘液相混的脓细胞;过敏性肠炎、肠道寄生虫病(尤其是钩虫病及阿米巴痢疾)时，粪便中可见较多的嗜酸性粒细胞，还可伴有夏克-雷登结晶。
③巨噬细胞
巨噬细胞体积大于一般白细胞，核较大而偏于一侧，见于细菌性痢疾。
④肠粘膜上皮细胞
整个小肠、大肠的粘膜上皮细胞均为柱状上皮，只有直肠齿状线处由复层立方上皮及未角化的复层鳞状上皮所被覆。生理情况下，少量脱落的柱状上皮细胞多已破坏，故正常粪便中见不到。当有炎症时可增多，且呈卵圆形，或短柱状，两端钝圆，常夹杂于白细胞之间，在伪膜性肠炎的粘膜小块中多见，此外，粘冻性分泌物中亦大量存在。
⑤肿瘤细胞
取乙状结肠癌、直肠癌病人的血性粪便，及时涂片染色，可能找到成堆的癌细胞。
寄生虫
镜检找到各种寄生虫卵、原虫滋养体及其包囊，是诊断寄生虫引起腹泻的主要依据。
食物残渣
正常粪便中的食物残渣均系充分消化后的无定形细小颗粒，仅可偶见淀粉颗粒和脂肪小滴等。
①淀粉颗粒。为大小不等的卵圆形颗粒。 ②脂肪小滴。正常粪便中偶见中性脂肪及结合脂肪酸，在肠蠕动亢进腹泻及胰腺外分泌功能减退时可见增多，尤其多见于慢性胰腺炎、胰头癌时所引起的消化不良性腹泻。 ③肌肉纤维。日常食用的肉类主要是动物的横纹肌，经蛋白酶消化分解后多消失，大量肉食后可见少许。多量出现时见于肠蠕动亢进腹泻及蛋白质消化不良，亦可见于胰腺外分泌功能减退。 ④植物细胞及植物纤维。其形态多样，正常粪便中仅可见少量，肠蠕动亢进腹泻时增多。