在临床上，痢疾的诊断主要依据患者的饮食史、病史、临床症状与体征。此外，尚需结合实验室检杏和特殊检查手段，以明确诊断，并指导临床用药。常用的实验室检查和特殊检查手段主要有以下几种：
1、粪便检查：粪便检查是诊断痢疾最常用的也是最便捷的检查方法。病人一旦出现大便性状的改变，应首先注重粪便检查。粪便检查时，应先观察粪便的颜色、形状和气味等性状。细菌性痢疾患者的粪便多为粘液脓血便，而阿米巴痢疾患者大便往往呈果酱样，有腐臭。还需进行粪便涂片显微镜检查和粪便细菌培养，以确定具体的致病菌株，协助临床诊断，以指导临床用药。
2、钡剂造影检查和血管造影术：钡剂灌肠造影检聋主要适于结肠病变的检测，但对疑有结肠穿孔、肛裂严重及腹泻达到一日十余次者，则不宜用灌肠法。钡剂灌肠造影检查前应彻底清除肠内粪便，以免形成假象，干扰诊断。一般检查前一日进少渣饮食，多喝水，晚上8点后不要再进食(最好前一日傍晚服轻泻剂)，检查前再做一次肠道清洗，经1～2小时待残余的清洗液吸收后可行检查。若行钡剂与空气双对造影者，最好在医生的指导下，采取饮食、饮水、泻药等综合方法，而尽量不用清洗法。血管造影术是先往血管内注入液体造影剂，让小肠的血管内充盈造影剂，然后利用数字减影X线技术(DSA)进行摄影，并通过计算机图像处理后，可以从血管的异常征象推断小肠出血部位及可能存在的肿瘤、炎症及肠外情况。
3、内窥镜检查：自20世纪60年代光导纤维问世以来，各种纤维内窥镜检查迅速发展，我国自20世纪70年代起，结肠镜及小肠镜等日趋普及，与纤维胃镜、十二指肠镜等一道，成为诊断消化系统疾病的重要工具之一。内窥镜检查由于可直接观察粘膜病变，故常用于痢疾等消化道疾病的鉴别诊断。但有些情况下不宜进行肠镜检查，如：严重心肺功能不全者，严重高血压、脑供血不足、冠心病有严重的心律紊乱者，中毒性痢疾、暴发型溃疡性结肠炎大量腹泻便血者，腹腔或盆腔手术后腹腔内广泛粘连者，妊娠及患有精神病不能合作者等等。