小儿缺铁性贫血的治疗原则与成人缺铁性贫血的治疗相同，即以补充铁剂为主。小儿铁剂治疗可以采用同样的含铁药物，如硫酸亚铁、富马酸铁、葡萄酸亚铁、琥珀酸亚铁或血红素铁等。小儿铁剂的应用剂量以元素铁进行计算，每日每公斤体重6mg，折算成硫酸亚铁为每日30mg，每日量分2次或3次口服。硫酸亚铁对胃肠道有刺激，可以引起恶心、食欲不振、甚至呕吐，这类反应在年龄较大者发生多，年龄越小发生越少。为减少反应，可以饮后服药。服药后反应重的小儿可以适当减少服药剂量。服药至血红蛋白达正常水平以后2个月再停药，以补充体内铁的贮存量。
一般的小儿缺铁性贫血不需要输血治疗。重度贫血伴有心功能不全时输血可以使心功能不全得到较快改善。缺铁性贫血合并较重感染者也要给予输血，以保证感染的治疗能够顺利进行。小儿输血量与贫血程度有关，贫血越重，每次输血量越小，输血速度也要越慢。
最后应当注意的是，要去除引起缺铁性贫血的原因，比如改善喂养情况等。