少见的并发症包括食管纵隔瘘，隧道内感染，术后出血等等，但是只要确实保护好粘膜层的完整，隧道入口封闭可靠，隧道内血管凝固充分，这些并发症几乎不会出现。
三种治疗方法比较优缺点很明显，患者在术前要充分了解，并在医生分析帮助下选择。
发现可疑癌变的粘膜病变
我国是消化道癌的高发国家，与发达国家相比，主要问题是早期发现的癌前病变和早癌比较少，进展期的癌所占比例较高。癌症的治愈与发现的早晚密切相关，越早发现越早治疗效果越好，早发现早治疗的癌症是完全可以治愈的。
消化道早癌的发现依赖于内镜检查。需要有经验的内镜医生应用高清晰才能更多发现早期粘膜病变，并借助于染色放大观察技术、超声内镜技术来评估病变，通过精确活检确定病变性质。对不同性质、不同大小、不同深度病变采取不同的治疗方法。
一旦发现了消化道粘膜高级别瘤变或分化良好的粘膜内癌，尽量咨询有消化内镜治疗经验的医生，探讨是否有内镜下微创切除的可能，不要在恐癌心理作用下首先接受外科手术治疗。有经验的内镜医生对粘膜病变的识别能力好，不但能发现病变，而且能识别病变，活检的准确度高。
粘膜病变的内镜治疗方法主要有粘膜大块切除术(EMR)、粘膜下剥离术(ESD)，二种治疗方法的根本区别在于EMR对于面积较大的病变只能分块切除，术后残留复发比率相对高些，并且术后病理诊断信息有限。ESD可以完整切除病变粘膜，获得准确的术后病理诊断，指导我们采取正确的后续治疗方法。
对于适合内镜下治疗的粘膜病变术前会通过染色、放大等手段精确评估，在保证完整切除的前提下提高治愈性切除的比率，只有这样患者才能真正获益。
需要明确的使内镜下粘膜切除是一种治疗方法也是一种诊断方法，对于适应症范围内的病变可以治愈，对于术后病理诊断为超出适应症范围的病变需要进一步外科手术或补充放化疗。
胃肠道疾病在形成之前或在被明确诊断之前,常常就已经有了某些不适反应甚至是典型症状。然而由于其常见和多发，往往容易被忽视，直到病情严重到不能再拖下去的时候，才前去就医。为了便于早期发现和诊断胃肠病，现将胃肠病的早期信号列举如下，以便参考对照，自我检查，早期发现，早作治疗。
嗳气、呃逆
嗳气与呃逆是不同的。嗳气声音“嗝---嗝---”作响，沉闷而悠长，间隔时间也较长，是气从胃中上逆;而呃逆声音“呃、呃、呃”作响，尖锐而急促，气从喉间发出，同时伴有躯干震动和耸肩。嗳气和呃逆，都是各种消化道疾病的常见症状，尤其是慢性胃炎、消化。
恶心、呕吐
恶心、呕吐常见于急性慢性胃炎、消化性溃疡、幽门梗阻等疾病。需行胃镜、肝胆B超检查，必要时还应该抽血检查电解质、肝功能、肾功能等。
腹胀、腹痛
腹胀是胃肠道积气，常可伴有嗳气、排气过多、恶心等症状，可由多种原因引发，胃肠道炎症、消化性溃疡等均可引起腹胀。腹痛原因多端，表现复杂，胃肠道疾病中急性胃肠炎多表现为急性腹痛;慢性胃炎、消化性溃疡、溃疡性结肠炎等多为慢性腹痛。如出现了腹账、腹痛，应该在医生的建议下，选择电子胃镜、结肠镜及B超检查，特别是急性腹痛更应该及时就诊，以便排除急腹症。
