这些片面甚至错误对待中医药发展的思想和做法，引起了毛泽东、刘少奇等中央领导同志的警惕和批评。1953年，毛泽东在对卫生工作的指示中指出：“看不起中医是不对的，把中医说得都好太好，也是错误的”，“我们对中医须有全面的正确的认识。必须批判地接受这份遗产。必须把一切积极因素保存和发扬”。1954年6月底7月初，毛泽东对中医药工作发表讲话，指出，“中西医比较起来，中医有几千年的历史，而西医传入中国不过几十年，直到今天我国人民疾病诊疗仍靠中医的仍占五万万以上，依靠西医的则仅数千万(而且多半在城市里)。因此，若就中国有史以来的卫生教育事业来说，中医的贡献与功劳是很大的。祖国医学遗产若干年来，不仅未被发扬，反而受到轻视与排斥，对中央关于团结中西医的指示未贯彻，中西医的真正团结还未解决，这是错误的，这个问题一定要解决，错误一定要纠正。首先各级卫生行政部门思想上要改变。”
1954年7月，刘少奇专门召集卫生部司局长及各大区医学工作者代表座谈中医工作。他严厉批评了医疗界歧视和排斥中医的错误做法，指出“看不起中医，是奴颜婢膝奴才式的资产阶级思想;歧视、排斥中医是一种极端卑鄙的恶劣的资产阶级心理的表现，这种状况，极大地阻碍了我国医药学遗产的研究和发扬”。他还在不同场合要求给予中医以应有的地位。例如，他要求卫生部“要主动团结中医，欢迎他们，给他们以应有的地位”，“对中医和西医要一视同仁”，“不能鄙视、歧视中医，要尊重中医，国家要给中医以帮助”。
为了全面纠正影响中西医团结的错误倾向，毛泽东和党中央采取了一系列重大措施。1954年7月，成立了由中宣部、文化中央教育委员会、卫生部指定人员组成的中医问题临时工作组，向各地卫生行政负责人和北京、天津的中西医传达中共中央关于中医问题的指示;召开了中共中央、华北和北京市各有关部门的中西医座谈会，反复讨论了关于学习和研究中医、扩大中医业务、出版中医书籍等问题。1954年10月20日，《人民日报》发表了题为《贯彻对待中医的正确政策》的社论，认为发展中医就是“如何通过认真的学习、研究和实践，逐渐使它和现代科学理论相结合的问题，就是要根据现代科学的理论，用科学方法来整理中医学的学理和总结它的临床经验，吸取它的精华，去掉它的糟粕，使它逐渐和现代医学科学合流，成为现代医学科学的重要组成部分”。1954年11月，中共中央批转国务院文委党组《关于改进中医工作的报告》，进一步阐明了党的中医政策，提出了改进中医工作的具体措施。卫生部对自身不能正确对待中医的思想和做法进行了反省和检查，并于1955年2月2日发出《关于取消禁止中医使用白纸处方规定的通知》，旨在取消对中医行医的限制。1956年11月27日，卫生部发布了《关于废除中医师暂行条例的通令》。至此，中医药事业开始走上稳步发展的轨道。
(三) 提倡中西医结合，为中西医的团结合作指明方向
早在延安时期，毛泽东就谈过“中西医结合”的问题。1944年5月24日，他在延安大学的开学典礼上就讲到：“我们边区政府的副主席李鼎铭同志是中医，还有些人学的是西医，这两种医生历来就不大讲统一战线。我们大家来研究一下，到底要不要讲统一战线?我不懂中医，也不懂西医，不管是中医还是西医，作用都是要治好病。治不好病还有医术问题，不能因为治不好病就不赞成中医或者不赞成西医。能把娃娃养大，把生病的人治好，中医我们奖励，西医我们也奖励。我们提出这样的口号：这两种医生要合作。”
新中国成立后，毛泽东更加重视“中西医结合”、“团结中西医”这一问题。1950年8月7日，第一次全国卫生会议在北京召开，会议提出了“面向工农兵”、“预防为主”、“团结中西医”三大卫生工作方针，毛泽东亲自为会议题词：“团结新老中西各部分医药卫生人员，组成巩固的统一战线，为开展伟大的人民卫生工作而奋斗。”毛泽东的这一指示为中西医结合、彼此间团结合作指明了方向。1951年6月，刘少奇也表示：“政府目前的政策是团结中医西医，共同为人民服务，同时设法提高中医……使他们能更多的解决人民疾病问题。”
