方剂学
炼丹术及葛洪
炼丹方士
炼丹方士被认为是早期的药剂师。由于早期道教的长生思想，炼丹术非常普遍。在方士们研究不死之药的同时，炼丹方士们取得了不同化合物或金属提炼技术， 因而制出新型药物及滋补品。
葛洪《肘后备急方》
完成了巨著《肘后救卒方》或《肘后备急方》，是临床第一部急救手册。书中描述临床常见疾病的疗法，也包括预防策略，例如使用格离区防止传染病漫延，同时又提议利用药物预防疾病发生。
葛洪主张利用简、便、廉、验的疗法，一些方法沿用至今，如草麻黄及常山分别用于治疗哮喘及疟疾。据此书记载，当时对于一些传染病如伤寒、痢疾、疟疾、天花、麻疹及霍乱等已有较清楚的认识。
本草学
《神农本草经集注》另一位对中国医药发展有贡献的医家是陶弘景，是南朝齐、梁间的药物学家，他校订《神农本草经》。
《神农本草经集注》共记录730种药物，除了增加对每种药物的说明外，还将药物分做玉石、草本、虫兽、米食、果、菜及有名未用七大类，成为后期中医药分类的标准。
这本书是直至公元7世纪中期的主要医药文献。陶弘景亦将葛洪的《肘后备急方》改篇，撰成《肘后百一方》。
当时的炼丹方士及医师都是将手写的医学记录互相传阅，更有人雕刻在寺庙的石壁上以方便参考。例如在河南省洛
阳附近的龙门佛窟里，发现了一批公元6世纪未期的医学文献，在佛窟墙壁上发现约100篇医方，其中一篇是记载先前提到的葛洪以常山治疗疟疾的方法。
其他重要医学文献
其他此期的重要医学文献有雷敩的《雷公炮灸论》，是第一本药物炮制学专着。书中主要描述植物类药，系统地总结药物炮制方法，如炮法、蒸法、煮法等，一直到现今仍然受到高度重视。
另外公元479 ~ 502年间，南齐龚庆宣整理的《刘涓子鬼遗方》是现存早的中医外科专书。广泛记载了公元5世纪的各种外伤疗法及皮肤病如疮、疖、疽等疗法。其中的一个经典是提及用水银药膏治疗皮肤病。
