目前并没有直接证据显示咖啡因会导致骨质疏松症，且某些研究发现，咖啡因虽会增加钙质排泄，但并非造成骨质疏松的高危险因素，钙质的摄取不足才是主要原因，因此仍建议应该注意钙质的充分摄取。咖啡对血脂肪、血压、心脏病与癌症的发生率，目前研究人员还没有足够证据显示咖啡因有相关性。喝咖啡过量虽然可能会妨碍胎儿的发育，但未能证实是否会导致早产或婴儿出生体重不足。不过仍然奉劝孕妇少喝咖啡为妙，因已有够多的研究指出咖啡因会降低妇女受孕的机会，增加流产的风险，阻缓胎儿的发育。
医界研究指出，每天喝咖啡好的时间是：春冬季的下午三至五时，夏秋季的下午四至六时，因为这是人体疲惫的时刻。此外，要健康的享受咖啡美味，还须留意以下事项：
每天喝五杯咖啡(每杯约150cc)以上咖啡，即容易造成上瘾，危及身体健康。早晨喝咖啡的确有助于头脑清醒、精神抖擞，但须先吃早餐后，才能饮用，否则容易伤害肠胃功能。有胃及十二脂肠胃溃疡的人，尤其应避免空腹喝咖啡。
酒后不宜喝咖啡，否则会更刺激血管扩张、加快血液循环，增加心血管的负担。喝了咖啡约十至十五分钟，即有提神醒脑的作用，所以睡前不要喝咖啡，以免失眠。勿喝太浓的咖啡，否则会使人变得急躁且理解力减弱。
喝咖啡后，不能马上抽烟，否则容易对心脏造成危害。服用抗生素和胃溃疡治疗药物，不可同时喝咖啡，以免刺激胃部，造成疼痛不适。喝咖啡时好加一些奶精，以缓和对胃的刺激，但是奶精与糖皆有热量，须控制摄取量，以免发胖。
适量的咖啡摄取，对人体应该无伤，所有的食物都是上天恩赐。因此下次在你悠悠闲闲品尝一杯咖啡时，除了让你享受优闲、轻松的气氛，达到纾解压力、放松身心、消除疲劳的作用外，这杯小小的咖啡正为你的身体健康筑起了一道坚强防线，小心地保护着您，只要记得别喝得太多哦!
