青春期综合征发生的原因有：
1.过度用脑导致脑神经机能失衡。青少年时期身体生长迅速，大脑生理功能快速发育而不稳定，大脑皮层兴奋与抑制功能尚不健全，加之学习考试压力大，使核糖核酸、多肽、多糖蛋白、多种酶及多种内分泌激素等脑能源过度消耗，脑神经机能失衡，青少年会明显感到大脑混乱、疲劳，从而出现一系列脑神经机能失衡的症状而诱发青春期综合征。
2.过度手淫导致性神经机能失衡。青少年时期生殖器官迅速发育，性腺内分泌激素迅速产生，性心理迅速觉醒，性意识强烈冲动，性神经特别容易兴奋躁动，因而出现手淫，久而久之，中枢神经由兴奋亢进转向疲劳抑制造成性神经机能失衡而易于诱发青春期综合征。
3.心理发育滞后导致心理机能失衡。由于青春期生理与心发育不同步，身高、体重等生理发育迅猛，但心理发育滞后仍处幼稚、单纯阶段，两者不协调，之青少年时期特有的心理封闭态，使他们在出现生理机能失衡出现问题时，不能正确认识和对待，又不好意思向家长或医生坦诚倾诉，从而产生一系列不良的情绪，从而易于诱发青春期合征。
