本身对放射线抵抗，因此放疗仅应用于减少盆腔等部位复发、转移所致的疼痛或不适症状。截至目前，多种化疗约物被试用于残留复发的以及转移的胃肠间质瘤，但客观有效率均＜7%，未发现单药有效率超过10%的化疗药物，所以不主张对其进行化疗。
伊马替尼（格列卫）对于不能切除的、转移的或复发的胃肠间质瘤作为一线药物，在延缓病情发展、延长生存期方面效果明显。伊马替尼是第一个用于临床的酪氨酸激酶抑制剂（TKT），也是第一个用于临床治疗恶性肿瘤的细胞信号转导抑制剂，它的主要作用是能抑制细胞增殖而诱导细胞凋亡。
临床研究结果表明，对于不能切除的胃肠道间质瘤患者，伊马替尼能显著延长甚至疾病进展时间和总生存时间。国内外经验报道，伊马替尼治疗后总获益率可高达84%，65%～70%患者可达部分缓解，15%～20%患者疾病稳定，5%以下可达晚期缓解，中位总生存时间为4.5～5年。伊马替尼治疗反应的中位时间为12一一15周，不应在早期未观察到效果即放弃用药；不应在治疗获益的情况下中断治疗；进展期患者应连续服用，无时限限制。
对于肿瘤被完全切除的患者，研究证明同样存在复发的风险，所以需要根据肿瘤的情况确认复发风险的分级，再根据复发风险的分级予以相应时间长度的治疗，目的是降低患者手术后的复发，从而延长患者的生存时间。
